Cuando en las copias manuscritas de textos que se realizaban en los monasterios en la edad media, aparecían dos n seguidas era habitual que se confundieran con una m, para evitar esto, colocaron una n más pequeña sobre la otra n la cual se le llamo virgulilla "~".

Luego, con el paso del tiempo, ese carácter se fue transformado hasta que se convirtió en la ñ que todos conocemos. Fue tomada del castellano en los siguientes idiomas, como parte de su alfabeto: aragonés, asturiano, aymara, bubi, chamorro, gallego, guaraní, mapudungun, mixteco, quechua, tagalo, zapoteco, wolof. El inglés admite la ñ en préstamos del castellano como «cañón» (la grafía más común es «canyon»).

Fuente: Wikipedia